Dinas Sosial Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kabupaten Kulon Progo dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo No. 14 tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah dengan amanat ketentuan pasal 3 ayat (1)  Peraturan Pemerintah No 18 tahun 2016 tentang Perangkat Daerah.

Sebelumnya, urusan sosial menjadi satu dengan Dinas Sosial Tenaga Kerja dan Transmigrasi. Namun setelah adanya Peraturan Daerah tersebut diatas maka Dinas Sosial Perempuan dan Perlindungan Anak berdiri sendiri dan bertambah urusan Perempuan dan Perlindungan Anak yang awalnya menjadi urusan di Badan Pemberdayaan Perempuan Desa dan Pengendalian Penduduk.

Kepala Dinas pertama yaitu Drs. Eka Pranyata yang menjabat dari tahun 2017 sampai dengan 2019. Kemudian digantikan oleh Drs. Yohanes Irianta, M. Si dari tahun 2019 sampai dengan sekarang. Dinas Sosial Perempuan dan Perlindungan Anak menempati gedung exs transito yang berada di Jl. Sugiman No 3 Wates Kulon Progo. Dinas Sosial Perempuan dan Perlindungan Anak merupakan dinas dengan tipe A yang terdiri dari 1 sekretariat dan 4 bidang.